Het Duitse waddengebied loopt van Borkum in het zuidwesten tot Sylt in het noordoosten. Het Oostfriese deel van het gebied, van Borkum tot de Jade, heeft een rij duineilanden met daarachter een ondiep getijdengebied. Van de Jade tot aan het schiereiland Eiderstedt liggen de diepe geulen van de Weser en de Elbe. Hier liggen veel minder eilanden. Ten noorden van Eiderstedt begint het Noord-Friese waddengebied, met grote zandplaten en duineilanden, en daarachter het landschap van de Halligen. De kusten van de Duitse deelstaten Nedersaksen, Sleeswijk-Holstein en Hamburg grenzen aan de Waddenzee. Ook de deelstaat Bremen ligt voor een klein deel aan de Waddenzee.

Aan de Nedersaksische Waddenzee liggen de zeven bewoonde Oostfriese eilanden: Borkum, Juist, Norderney, Baltrum, Langeoog, Spiekeroog en Wangerooge. Onbewoond zijn Memmert, Mellum, Minsener Oog en Lüttje Oog. Op alle eilanden zijn duinen en kwelders, en er heerst een zeeklimaat. De kustgebieden aan de vaste wal worden onderverdeeld in de Weser-Ems-Regio en de Elbe-Weser-Regio. Het buitendijkse gebied, de Waddenzee en de onbewoonde delen van de eilanden zijn samen een Nationaal Park.

Het gedeelte van de Waddenzee dat bij Hamburg hoort ligt ten noordwesten van Cuxhaven. De onbewoonde eilanden Neuwerk, Scharhörn en Nigehörn liggen in dit gebied.

De waddenkust van Sleeswijk-Holstein ligt tussen de monding van de Elbe en de Deense grens. In het zuiden ligt in een open, vlak waddengebied met het onbewoonde vogeleiland Trischen. Ten noorden van het schiereiland Eiderstedt ligt een rij zandplaten en eilanden zoals Amrum en Sylt, en daarachter de Halligen, Pellworm en Föhr. Aan de vastelandskust liggen Dithmarschen en Noordfriesland. Het buitendijkse gebied en de onbewoonde delen van de eilanden zijn samen een Nationaal Park en maken deel uit van het Werelderfgoed Waddenzee.